Более опасны перезаписывающие вирусы. Поскольку они физически изменяют любой инфицируемый ими файл путем внедрения своего тела вместо части программного кода, они могут повреждать или разрушать файлы. При запуске программ, файлы которых заражены вирусами этого типа, их нормальная работа, как правило,оказывается невозможной. Перезаписывающим вирусам часто удается избежать обнаружения, поскольку они заражают файл, не изменяя его размера.